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Tras 6 años de trabajo realizado por más de 300 científicos, y 53 millones de dólares de financiamiento, la secuencia del genoma de la vaca llegó. Se suma a los genomas animales secuenciados desde que se completó el genoma humano. Afirman  que el genoma bovino cuenta una historia de evolución y domesticación.

Los científicos secuenciaron el genoma de una vaca Hereford, y la comparación de este genoma, de más de 22.000 genes, con otros genomas de mamíferos, ha revelado sorpresas. Aunque nosotros compartimos con los roedores un ancestro común más reciente que el que ellos comparten con las vacas, nuestro genoma se parece más al bovino, probablemente porque el genoma de los ratones y de las ratas evolucionó más rápido debido a su rápida reproducción. Además, el genoma bovino tiene más genes relacionados con las funciones inmunes que el genoma humano, y más duplicaciones de estos genes. Según los científicos, esto puede explicarse porque las vacas son rumiantes con varios estómagos, y por lo tanto están más expuestos a los microorganismos.

Mientras tanto, hay un proyecto derivado del anterior que está teniendo un alto impacto en la industria. Se trata del Mapa Bovino de Haplotipos, que estudia la diversidad genética entre razas. En este proyecto los investigadores identificaron decenas de miles de polimorfismos de un sólo nucleótido (single nucleotide-polymorphisms –SNPs), que son variaciones en la molécula de ADN al nivel de una sola base, en la vaca Hereford y luego las secuenciaron en otras 6 razas más. Los resultaron comparativos revelaron que hay una gran variabilidad genética entre razas, más aún que las diferencias que hay en las poblaciones humanas o de perros. Encontraron también diferencias dependiendo si la vaca fue seleccionada para producir carne o leche. Este proyecto es muy atractivo para los productores, ya que permitiría seleccionar más fácilmente las características deseadas por los mejoradores, como la producción de leche de alta calidad.