¡El genoma de la papa ha sido resuelto!
Científicos argentinos contribuyeron al proyecto.
Un grupo compuesto por investigadores de todas partes del
planeta (http://www.potatogenome.net/index.php/Members) incluyendo
un equipo argentino conformado por Leandro Barreiro, Gabriela Massa y Sergio
Feingold, del Laboratorio de Agro-Biotecnología del INTA-Balcarce y Luis
Diambra del CONICET en el Centro Regional de Estudio Genómicos (CREG) de la Univ. Nac. de La
Plata, terminaron de secuenciar y ensamblar el genoma del tubérculo más famoso
del mundo, la papa. Los
resultados se publicaron hoy en la revista Nature (http://www.nature.com/news/2011/110710/full/news.2011.407.html).
¿Qué tiene de especial el genoma de la papa? Según nos cuenta Luis
Diambra, Bioinformático y Director del Laboratorio de Sistemas Complejos de la
Plata: "El genoma de la papa es tetraploide, organizado en 12 cromosomas,
es decir que hay cuatro copias de cada cromosoma en contraste con las dos
copias del genoma humano. Además existe gran variación entre las copias, esto
hace que su secuenciamiento sea un desafío bioinformático considerable. El
tamaño del genoma es de 840 Mpb (1/4 del genoma humano) que codifican casi 40
mil proteínas. En el trabajo fueron presentados los genomas de dos variedades
de Solanum Tuberosum (papa) con una profundidad de 70x."
El tema tiene alta relevancia para la alimentación de la raza humana, el cultivo de la papa es el 4º en importancia mundial! Que se espera de ahora en adelante? Luis nos comenta: "Su genoma es, sin duda, el punto de partida para muchas preguntas científicas acerca de la evolución y funcionamiento de la papa. Pero fundamentalmente abre la puerta a nuevos desafíos biotecnológicos, como determinar qué genes son los responsables de determinadas características de interés, y así acelerar los programas de mejoramiento genético. Por ejemplo, con la información del genoma será posible desarrollar nuevas variedades más resistentes a enfermedades, o con mejor valor nutricional."
El aporte argentino consistió en el secuenciamiento parcial del cromosoma 3, y la participación en la construcción de un mapa genético que identifica la localización de todos los fragmentos secuenciados por los socios del consorcio. Además, aportamos las secuencia completa de las organelas de ambas variedades, y esto es interesante desde el punto de vista bioinformático, ya que representa un problema metagenómico. Porque estos pequeños genomas (alrededor de 1.2 Mpb en total) fueron elaborados a partir de las contaminaciones presentes en las lecturas que salen del secuenciador (alrededor del 2% de las lecturas son no-nucleares). Esta estrategia, por cierto económica, fue diseñada y ejecutada enteramente por el equipo argentino.
